Les inventaires naturalistes ayant servis à élaborer le diagnostic écologique (état initial), ont permis de mettre à jour une liste des habitats et des espèces d'intérêt communautaire visées par les Directives "Habitats-Faune-Flore" et "Oiseaux", de préciser leur représentativité, leur état de conservation sur la zone étudiée et d'identifier les enjeux écologiques majeurs.
Pour chacun des deux sites Natura 2000, une hiérarchisation des enjeux a été élaborée.