L’évaluation des incidences Natura 2000 est instaurée par le droit de l’Union européenne (article 6 paragraphe 3 de la directive « habitats, faune, flore ») pour prévenir les atteintes aux objectifs de conservation (c’est-à-dire aux habitats naturels, d’espèces, espèces végétales et animales) des sites Natura 2000, désignés au titre, soit de la directive « oiseaux » de 1979 (Zone de Protection Spéciale), soit de la directive « habitats, faune, flore » de 1992 (Zone Spéciale de Conservation, Site d’Intérêt Communautaire, et proposition de Site d’Intérêt Communautaire selon l’état d’avancement de la désignation du site). Ainsi :
- « tout plan ou projet
- non directement lié ou nécessaire à la gestion du site
- mais susceptible d’affecter ce site de manière significative,
- individuellement, ou en conjugaison avec d’autres plans et projets,
- fait l’objet d’une évaluation de ses incidences sur le site
- eu égard aux objectifs de conservation de ce site (...) ».
Le 4 mars 2010, l’Etat français a fait l’objet d’un recours en manquement par la Cour de Justice Européenne sur la mauvaise transposition de cet article 6 de la Directive Européenne 92/43/CEE « Habitats » du 21 mai 1992.
L’Etat français dispose d’un an pour accomplir l’arrêt de la Cour de Justice Européenne. Pour cela, la France a choisi de mettre en place un régime réglementaire d’évaluation des incidences Natura 2000 des plans, projets et manifestations sur tout ou partie du territoire (article L.414-4 du Code de l’Environnement) :
- en choisissant :
de s’appuyer autant que possible sur les régimes d’encadrement existants : principe d’intégration de Natura 2000 dans les politiques sectorielles et d’établir des listes positives des activités concernées,
- en créant donc un nouveau principe de l’application du régime d’évaluation des Incidences : Ne sont soumis à évaluation des incidences que les projets, activités, documents de planification ou interventions qui figurent sur une liste nationale ou locale.
Le dispositif repose sur trois listes permettant d'identifier les documents de planification, les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagement et d'installations, les manifestations et interventions dans le milieu naturel soumis à évaluation d'incidences.
Les deux premières listes portent sur les régimes d'encadrement administratif existants (autorisation, approbation, enregistrement, déclaration) :
La troisième liste concerne les documents, programmes, projets et activités non soumis à un régime d'encadrement existant et constitue donc un régime d'autorisation propre à Natura 2000. Cette liste est établie par chaque préfet de département à partir d'une liste nationale de référence (décret du 16 août 2011).
Enfin, une clause filet permet éventuellement au préfet, s'il l'estime nécessaire, de solliciter une évaluation d'incidences pour un projet, une activité ou un document ne faisant partie d'aucune liste.