Le site Natura 2000 FR 1100812 « L’Yerres de sa source à Chaumes-en-Brie » se situe dans la moitié nord du département de Seine-et-Marne. D’une superficie de 0,31 km², il traverse les territoires de 13 communes sur un linéaire de 40 km.
Il a été désigné en mars 1999 au titre de la Directive européenne « Habitats, faune, flore » (92/43/CEE du 21 mai 1992) pour la présence de trois espèces d’intérêt communautaire, le Chabot (Cottus gobio – Code Natura 2000 : 1163), la Loche de rivière (Cobitis taenia – Code Natura 2000 : 1149) et la Lamproie de Planer (Lampetra planerii – Code Natura 2000 : 1096), ainsi que pour la présence d’un habitat d’intérêt communautaire, « Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion » (Code Natura 2000 : 3260, Code Corine Biotope : 24.4).
Le Comité de Pilotage (COPIL) du Document d’Objectifs DOCOB du site Natura 2000 de l'Yerres a été fixé le 3 juillet 2003. L'arrêté préfectoral en vigueur date du 17 décembre 2013.
L’élaboration du DOCOB, document d'orientation définissant pour chaque site Natura 2000, un état des lieux, les orientations de gestion et de conservation, les modalités de leur mise en œuvre, a été confiée à la Fédération de Seine-et-Marne pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique, sous la maitrise d'ouvrage de la DRIEE Ile-de-France.
Le premier Comité de pilotage s’est tenu le 7 mars 2007. La Fédération de Seine-et-Marne pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique a mené plusieurs campagnes d’investigation de terrain :
Prospection du linéaire à pied en juillet 2006 dans le cadre du diagnostic écologique du site,
- Réalisation de pêches électriques : 2 stations sont prospectées en 2007 (1 par l’ONEMA et 1 par la Fédération de Seine-et-Marne pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique), la Fédération de Seine-et-Marne pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique inventorie 4 stations en 2008, ainsi que 10 stations en 2009 dans le cadre d’une étude complémentaire.
Au vu de cet effort de prospection déployé, il a été constaté l’absence des espèces visées par la Directive « Habitats, Faune, Flore » et un état de dégradation très avancé de l’habitat d’intérêt communautaire.
Le Document d'objectifs (Docob), validé par le comité de pilotage du 12 juin 2014 et approuvé le 9 avril 2015, est composé de :