La carrière Saint-Nicolas est issue de l’exploitation de la craie qui s’y est déroulée principalement durant le XIXème siècle. Plusieurs exploitants ont œuvré au sein de cette cavité. Elle a ensuite été exploitée en tant que champignonnière au cours du XXème siècle et suite à l'abandon de cette activité, les usages sont devenus quasi-inexistants.
A l'heure actuelle, parmi les activités humaines ou critères de dégradation potentiels ou effectifs existant sur le site, on note :
- l'urbanisation, réduite sur le site en lui-même, mais dont l'éclairage a un impact négatif sur la circulation des espèces de chiroptères;
- l'existence de chemins piétonniers et de randonnée pédestre sur le site qui n'ont pas ou peu d'effets sur les espèces et l'habitat de la directive européenne;
- un risque important d'éboulement et des risques de mortalité éventuelle des chiroptères dus au parasitisme (syndrôme du nez blanc) au sein de la carrière;
- une dégradation de l'habitat d'intérêt communautaire et des habitats d'espèces liée à du vandalisme, du piétinement, une surfréquentation localisée et des dépôts de déchets ménagers.
Dans l'environnement immédiat du site, d'autres activités humaines sont susceptibles d'avoir un impact :
- les routes, autoroutes et voie ferrée susceptibles d'impacter négativement le circulation des espèces (risques de collision);
- la zone industrielle avec un potentiel impact négatif sur la circulation des espèces (éclairage) et un risque d’altération de la carrière en cas d’accident (risque SEVESO);
- un projet de port autonome qui pourrait entraîner un impact négatif sur la circulation des espèces de chiroptères (éclairage, destruction de la ripisylve).