La hiérarchisation des enjeux écologiques a été réalisé par un système de notation : la note est d'autant plus forte que le niveau d'enjeu est fort.
Le choix du système de notation s'appuie à la fois sur l'expérience du site Natura 2000 "Bassée et Plaines adjacentes" et sur l'expérience de certaines régions pour hiérarchiser les enjeux sur le réseau Natura 2000 notamment en région Languedoc–Roussillon.
De plus, le site "Massif de Fontainebleau" présente des enjeux communautaires très nombreux et correspondant à des groupes taxonomiques bien différents (Oiseaux, Chauve-souris, Insectes, Plantes, Amphibiens, Habitats). Au regard de ces enjeux, le système de notation semble être une méthode objective et pertinente.
3 niveaux d'enjeux ont été identifiés sur le site :
- Les milieux ouverts à semi-ouverts secs
A l’époque de Louis XIV, moins de 20 % de la superficie des sites Natura 2000, est boisée, le paysage du massif de Fontainebleau est principalement constitué de grandes étendues de callune, de pelouses et chaos rocheux. Le pâturage était un des droits d’usages les plus anciennement reconnus aux riverains de la forêt. Ces milieux agropastoraux accueillent une multitude de communautés végétales et une diversité floristique exceptionnelle à l’échelle régionale voir nationale. Ils sont aussi utilisés comme zones de chasse pour les chauves-souris, de reproduction pour la Fauvette pitchou et zone de refuge pour un certain nombre d’espèces animales.
L’abandon de cette activité agropastorale au XXème siècle a favorisé le retour de la dynamique naturelle de colonisation des pelouses ou des landes par les végétations buissonnantes et arborées. Le milieu a donc progressivement évolué en milieu forestier.
- les milieux ouverts à semi-ouverts humides
Localisés ponctuellement, et constituées de mares, de marais, de landes humides, de tourbières et de forêts alluviales, les zones humides jouent un rôle fondamental dans le maintien et l’amélioration de la qualité de l’eau, dans la régulation des régimes hydrologiques (crue, sécheresse) et dans la préservation d’un réservoir de biodiversité.
- Les milieux forestiers
Les milieux ouverts à semi-ouverts s’imbriquent dans une matrice forestière présentant également un enjeu extrêmement fort. Le massif de Fontainebleau et la forêt de Rambouillet sont les massifs forestiers les plus vastes de l’Île-de-France. La responsabilité régionale est forte quant au maintien de cet écosystème. Au cours du XVIIIème siècle, la création des réserves artistiques puis la mise en place des réserves biologiques intégrales ont permis le maintien d’îlots de vieillissement et de sénescence. Le maintien de ces écosystèmes dans le temps revêt un objectif patrimonial très fort.
- Les milieux cavernicoles
Parfois délaissées, les périphéries du site accueillent une faune et une flore remarquables. Les carrières du Puiselet abritent une importante population de chiroptères en période hivernale et doivent faire l’objet d’une attention particulière notamment en ce qui concerne la fréquentation humaine des grottes à cette période qui peut constituer un dérangement.