L'étude de l'EcoMOS, cartographie des milieux naturels réalisée par l'Institut d'Aménagement et d'Urbanisme d'Ile-de-France, permet de mettre en évidence les milieux présents autour du site.
On constate :
- la forte proportion de milieux agricoles ou urbains aux abords immédiats du site,
- les surfaces boisées essentiellement situées au Nord (bois de Valence, forêt de St Martin, bois du Frénoy, de Saint-Germain-Laval et forêt domaniale de Villefermoy),
- le réseau hydrographique traversant le secteur d'Est en Ouest (Seine et Yonne), accompagné de nombreux plans d'eau issus de l'exploitation des granulats alluvionnaires,
- quelques espaces prairiaux très restreints, notamment sur les communes de Valence-en-Brie (surface toutefois surestimée par rapport à la réalité) et de Saint-Germain-Laval (coteau de Tréchy) et aux abords des plans d'eau.
On note également la présence d'une autoroute, d'une ligne à grande vitesse et d'une voie ferrée, d'une nationale et de deux grosses départementales (D605 et D606) dans les environs immédiats du site.
L'étude de l'environnement du site est particulièrement importante vis à vis des chiroptères dont le déplacement est fortement influencé par la structuration des milieux et les connexions entre gîtes de reproduction, d'hivernage, d'essaimage (swarming) et les milieux de chasse.
